PDFファイルで，テキストの抽出ができないものがあります．
ｘｄｏｃ２ｔｘｔを使うと，テキストの抽出ができない設定のＰＤＦファイルからも，テキストの抽出が可能となります．
http://www31.ocn.ne.jp/~h_ishida/xdoc2txt.html
フリーソフトのｘｄｏｃ２ｔｘｔをダウンロードして解凍します．また同サイトよりcryptlib.dllもダウンロードして解凍します．
展開したフォルダにPDFファイルを置きます．
コマンドプロンプトを開き，展開したフォルダに移動します．
xdoc2txt -n xxx.pdf > xxx.txt
のようにコマンド実行すれば，抽出されたテキストが，xxx.txtに格納されます．
当然ながら，暗号化されたPDFファイルは，テキストの抽出ができません．